Do dnešní doby se u nás začínající chovatel těžko dostává k informacím o základní anatomii plazů. I většina pokročilejších teraristů neví skoro nic o orgánech, kostře a kůži plazů. Pod šupinami, masem a kostmi mají plazi orgány, které je udržují naživu. Patří sem srdce, jež slouží k pumpování krve, plíce k dýchání a trávicí soustava vyrábějící z potravy energii.
Vnitřní orgány hadů jsou většinou protáhlé a dlouhé, aby se do jejich štíhlých těl vešly. Veškeré orgány, kterým říkáme párové, neleží proti sobě jako je to u většiny ostatních živočichů, ale jsou vůči sobě posunuty střídavě. To znamená, že při pohledu ze shora má had levou ledvinu oproti pravé posunutu dopředu k hlavě o necelou jednu jejich délku. Podobné je to i u vaječníků samic a plic. Levá plíce je zakrnělá a v podstatě nefunkční, veškeré dýchání obstarává zvětšená pravá plíce. Srdce najdeme v polovině první třetiny těla hned před zakrnělou levou plicí. Střeva se “táhnou” po pravé straně. Mozek u hadů je velice malý. Najdeme ho hned za očima. Jako i u ostatních živočichů ho chrání lebka.
Nejzajímavějším orgánem je tzv. Jakobsonův orgán. Je to prohlubeň umístěná nejčastěji na stropě ústní dutiny, v níž “ochutnávají vzduch”. Had vymrští svůj rozeklaný jazyk, zachytí na něj z okolního vzduchu molekuly pachu a při návratu do tlamy je přenese na Jakobsonův orgán. Ten je poset speciálními buňkami rozpoznávajícími pachy. Ty jsou analyzovány a podle toho dokáže rozeznat třeba pach sledované kořisti od okolí.
Hadi nemají vnější ucho, zvukovod ani bubínek. Proto nejsou schopni vnímat žádné zvuky. Reagují ovšem i na ty nejjemnější otřesy země, jako jsou například lidské kroky nebo pohyb kořisti.
Oči hadů jsou překryté srostlými průhlednými víčky, takže žádný had nemůže mrkat. S vyjimkou hadů žijících v podzemí je u většiny druhů zrak vyvinutý velmi dobře. Je ovšem omezen na vzdálenost, která je asi 1,5 až 2 m a v době zakalení nevidí skoro vůbec. I tak had rozlišuje jen objekty, které se pohybují. Absolutní nesmysl je, že had “upřeným pohledem” hypnotizuje svou oběť.
Průvodním jevem růstu je svlékání kůže. Buňky střední vrstvy kůže se posunují směrem k povrchu, kde tvoří ochrannou rohovinovou vrstvu. Tato vrstva se nenatahuje libovolně, proto se musí čas od času svléci a nahradit novou. Plazi mají šupinatou kůži, jež funguje jako vodotěsný kryt chránící hada před vysušením. Tak jako kopyta a nehty, jsou i překrývající se šupiny z keratinu. Šupiny mohou být hrubé nebo hladké. U některých plazů jsou podloženy kostěnými destičkami zvanými osteodermy. Kůži had svléká od hlavy a pomáhá si v tom třením o okolní předměty, jako jsou kameny, kůra a větve. Svlečka by měla být v celku, bez větších poškození. Pokud se had svléká v cárech, je v teráriu buď nízká vlhkost, nebo může být napaden některým druhem roztočů (i častější svlékání) a nebo se jedná o nemoc. Je dobré tomuto včas předcházet udržováním správné vlhkosti a hygieny v teráriu a při krmení dodávat chovanci v požadovaném poměru vitamíny a minerální látky (VITAMIX REP - pro plazy).
U hroznýšovitých hadů najdeme zbytky končetin ve formě drápků po stranách kloaky. Drápky dnes již nemají žádný význam pro pohyb. Jen samci je používají pro dráždění samice před a při pohlavním aktu. U ostatních druhů tyto drápky již nenajdeme.
Pohybovými orgány hadů jsou žebra, kterých je obrovské množství - 180 až 435 párů. Rychlé plazení hadům umožňují velké příčné břišní štítky, opírající se o nerovnosti v terénu. Žebra nejsou dole spojena a mohou se roztáhnout, když had pohltí velkou kořist. Čelisti jsou spojeny jen volně a tak může had při polykání své oběti doširoka otevřít tlamu.