Zánět předkožky, případně penisu, může doprovázet onemocnění celého močového aparátu. Může dojít k podráždění při močení do příliš prašného, znečistěného nebo jinak nevhodného steliva v kočičí toaletě. U příliš brzo kastrovaných kocourů může dojít ke slepení předkožky s penisem. V tom případě, pokud není nutné chirurgické ošetření, pomáhají výplachy předkožky heřmánkem nebo slabými desinfekčními prostředky.
Zánět varlat může vzniknout jako následek traumatu pokousáním od konkurenčního kocoura nebo agresivní kočky při páření. Může vzniknout také následkem jiných celkových onemocnění. Povrchové zranění se ošetřuje běžným způsobem a zánět se tiší studenými obklady. Jakékoliv zduření, zvláště jednostranné, bolestivé i nebolestivé, je nutno vyšetřit zvěrolékařem a včas zahájit terapii.
Kryptorchizmus, monorchizmus je nesestoupení obou varlat do šourku. Fysiologicky jsou varlata v šourku již při narození, ale tak malá, že nejsou hmatná. Ve stáří 4 - 6 týdnu hmatná jsou. Od 16 týdnů stáří lze kocourka s nesestouplými varlaty považovat za kryptorchida. Pozdější sestup je vzácný, po šestém měsíci nepravděpodobný. Jedná se téměř vždy o vadu dědičnou, proto jsou tato zvířata vyřazována z chovu a výstav. Na zdravotní stav tato vada zpočátku nemusí mít vliv, kocouři mohou být plodní. I oboustranní kryptorchidi mají zápach moči i chování stejné, jako kocouři. Častým problémem je pozdější nádorové zvrhnutí nesestouplého varlete, zkracující život kocoura. Proto se takto postižení jedinci zavčas kastrují, odstraňují se obě varlata, i to nesestouplé.
Sexuální libido je dáno individuálně. Kocouři chovaní samostatně, bez kontaktu s jinými zvířaty, často neprojevují pohlavní pud. Uměle odchovaní kocouři často považují za sexuálního partnera svého člověka a kočky odmítají. Po špatných zkušenostech s kočkou určité barvy také kocouři odmítají krýt jinou kočku téže barvy. Také se stává, že kocour chovaný společně s kočkami odmítá tyto nakrýt, cizí kočky kryje bez problému. Nebo naopak kryje jen kočky z domácnosti a jiné ne. Jsou známy i případy onanie kocourů stálým olizováním ztopořeného penisu. Ve všech těchto případech jde o psychické změny, které jsou jen velmi obtížně odstranitelné, a to zcela individuálně.
Nepříjemná pro majitele je hypersexualita kocourů, která se projevuje nejen neklidem a hlasovými projevy, ale zvláště označováním teritoria močí. Existují preparáty, které tlumí sexuální aktivitu, ale nelze je bezvýhradně doporučit u kocourů, kteří mají být použiti k rozmnožování. Není zaručen návrat k plné plodnosti. Proto je vhodné kocoury, kteří jsou chováni jako domácí mazlíčci a nejsou určeni k chovu, kastrovat. Je to mnohem méně zatěžující zákrok, než fyzické i psychické trápení se pro nemožnost sexuálního vyžití. Kastráti se také dožívají vyššího věku. Kocouři, kteří byli používaní k chovu a později kastrováni, dokážou krýt kočku v říji ( samozřejmě bez následků).
Onemocnění prostaty, zánět, zbytnění, cysty a nádorové bujení se projevuje obtížným močením, přerušovaným proudem moči, případně bolestivostí při močení. U kocourů bývá méně často, protože je to onemocnění spíše vyššího věku. Volně žijící kocouři se toho nedožijí, domácí mazlíčci bývají kastrovaní, chovní kocouři po splnění otcovských povinností po kastraci v klidu dožívají. Odstranění androgenní hormonální činnosti je prevencí ( často i terapií) problémů s prostatou.