Skupina těchto nitrobuněčných parazitů je početná a závažná. Onemocnění postihuje především koťata a může mít velmi těžký až fatální průběh. Kokcidie se většinou množí nepohlavně. U kočky jako hostitele se vyskytuje i pohlavní množení parazita, vytváří se infekční oocysty a vylučují se trusem. Vylučované oocysty jsou veliké jen několik tisícin mm, proto je možnost jejich zjištění jen mikroskopickým vyšetřením.
Kokcidie rodu Isispora se vyskytují po celém světě. Kočky se infikují oocystami z prostředí nebo pozřením pasivních přenašečů, nejčastěji myší nebo masa jiných zvířat. Nejčastěji onemocní malá koťata, jsou apatická, nepřijímají krmivo a trpí průjmy a zvýšenou tělesnou teplotou. Bez léčby dochází k dehydrataci a úhynu. U dospělých zvířat onemocnění často probíhá latentně, bez příznaků.
Diagnóza je možná jen vyšetřením trusu. Záchyt izospor ukazuje na špatné zoohygienické podmínky v chovu. Preventivně je nutno bezprostředně odstraňovat výkaly koček, aby se zabránilo vysporulování oocyst a tím dalšímu rozšiřování nákazy. Riziko přenášení infekce transportními hostiteli zabráníme zkrmováním přemraženého masa. U volně lovících koček nelze infekci zabránit.
Onemocnění kryptosporidiózou postihuje mladší kočky a jedince s oslabenou imunitou. Hostitelem tohoto parazita je mimo mláďat hospodářských zvířat, koček a psů také člověk. Projevuje se vodnatými průjmy, případně i výtoky z nosu a dýchacími potížemi. Nakazit se mohou koťata brzy po narození přímo z nečistého prostředí. Dva až tři týdny života jsou chráněna protilátkami z mateřského mléka. Onemocnění se většinou projeví společně s jinými infekcemi a svědčí o špatných chovatelských podmínkách. Masivní nález oocyst v trusu dospělých koček je obvykle signálem jiného závažného onemocnění a nedostatečné obranyschopnosti organizmu.
Za určitých okolností a v nehygienických podmínkách může dojít i k přenosu na člověka. U jinak zdravého člověka proběhne jen několikadenní bezpříznaková infekce, u dětí a osob postižených jinou chorobou bývají průjmy. Nejčastěji dochází k vzájemné infekci v kolektivu. Kryptosporidióza je považována za častou příčinu takzvaných letních nebo cestovních průjmů.
Toxoplazmóza je nejznámější a nejdiskutovanější zoonózou ve vztahu kočka- člověk. Tento parazit je rozšířen po celém světě Jeho definitivním hostitelem je kočka a kočkovité šelmy. Kromě člověka je k této infekci vnímavá většina teplokrevných živočichů, dosud byla prokázána u více než dvou set druhů savců a ptáků.
Pouze u definitivních hostitelů (koček) probíhá množení cyst tohoto parazita ve střevě a je zakončeno vylučováním oocyst do zevního prostředí. Mezihostiteli mohou být všichni teplokrevní živočichové včetně hospodářských zvířat, psa, kočky i člověka. V jejich organizmu dochází k nepohlavnímu množení parazita a k vytváření tkáňových cyst, které zůstávají v organizmu.
Infekce toxoplazmami nemá specifické symptomy a příznaky onemocnění se vyvíjejí podle napadeného orgánu. Nejčastější je bezpříznakový průběh onemocnění, záleží na celkové odolnosti organizmu.
U koček se toto onemocnění projevuje jen zřídka, častý je latentní průběh, až 90 % případů infekce kočky probíhá bez příznaků. Jediným nálezem je vylučování oocyst trusem, někdy provázené průjmem. V akutním stadiu celkového onemocnění koček může dojít ke zvýšené teplotě, zvětšení mízních uzlin, výtokům z očí a nosu, těžkým průjmům, dušnosti i zánětu plic.
Potvrzením onemocnění je u koček průkaz oocyst v trusu, nebo nepřímý serologický průkaz ( u všech živočichů). Aktuálnost infekce lze posoudit podle dynamiky titru protilátek z opakovaných odběrů krve. Samotné zjištění protilátek neznamená onemocnění, ale stav, kdy dotyčný organizmus se již někdy s nákazou setkal a vytvořil si protilátky.
Při nálezu jen malého počtu oocyst v trusu kočky bez klinických příznaků onemocnění je možno zvíře pouze izolovat v karanténě bez specifické terapie a pouze kontrolovat trus parazitologickým vyšetřením. Při průjmech nebo celkovém onemocnění lze nasadit léky, které při včasném podání vedou k uzdravení a vytvoření dostatečné imunity. U koček, které onemocnění prodělaly je jen malá pravděpodobnost opakování a tím i udržování nákazy.
U koček chovaných pouze v bytě nebo v omezeném prostoru bez možnosti lovu, pokud jsou krmeny jen tepelně opracovaným (vařeným nebo několik dní hluboce mraženým) masem nebo vnitřnostmi, případně komerčními krmivy je nebezpečí infekce nepravděpodobné. Kočky žijící volně se mohou snadno infikovat při lovu potravy.
Člověk se nejčastěji nakazí pojídáním syrového masa hospodářských zvířat (ochutnávání sekané, tatarský biftek) nebo kontaminací nečistýma rukama (děti- pískoviště, práce s hlínou). Přímé nakažení od doma chované nemocné kočky je diskutabilní, protože po čistění kálecích misek a manipulaci s trusem si běžně člověk umyje ruce. Tak se přeruší cesta - trus kočky–zažívací aparát člověka.