Po katastrofě na konci druhohor, která téměř vyhubila život na Zemi a znamenala zkázu pro velké dinosaury, se objevují první tvorové, z nichž se později vyvinuli savci. Na počátku třetihor (asi před 65 miliony let) existovala skupina Condylarthra, která tvořila přechod od hmyzožravců k pravým kopytníkům.
Byli to všežraví savci, podobní spíše šelmám. Velikostí se přibližovali dnešním psům. Nohy měly pět prstů zakončených malými kopýtky. Jejich chrup ještě nebyl přizpůsoben pro žvýkání rostlinné stravy. Z této skupiny se vytvořily čtyři vývojové linie, z nichž první dvě se podobaly spíše masožravcům. Anatomicky jeví blízkou příbuznost například se sudokopytníky.
Hyracotherium
Druhé dvě linie, pocházející ze skupiny Condylarthra, jsou si velmi podobné a lze z nich odvodit přímé předky lichokopytníků, tedy i koní. Typickým představitelem je rod Phenacodus, jehož pozůstatky byly nalezeny ve vrstvě spodního eocénu v Severní Americe i v Evropě. Měl ještě hodně společných znaků s primitivními hmyzožravci i s prvotními masožravci. Vymřel v eocénu.
Lichokopytníci (Perissodactyla) mají značně vyvinutý třetí prst, jímž prochází osa končetiny. Ostatní prsty jsou vyvinuty jen slabě nebo jsou silně zakrnělé. Z vývojového hlediska tvoří lichokopytníci dvě skupiny: Ceratomorpha (sem patří například tapíři a nosorožci) a Hippomorpha (kam patří především koně).
Vývoj koňovitých (Equidae) ze skupiny Hippomorpha začal v eocénu, tedy asi před 60 miliony let. Na počátku stál Hyracotherium (někdy též známý jako Eohippus). Dosahoval velikosti dnešního foxteriéra. Měl lehce stavěné tělo, dlouhé nohy, na předních končetinách měl čtyři prsty a na zadních tři. Obýval nížinné pralesy a živil se dužnatými listy a výhonky. Díky roztažitelnému chodidlu se mohl pohybovat i na měkkých půdách bažinatého terénu. Zuby, kterých měl 44, se velmi dobře hodily ke spásání měkkých listů pralesní vegetace. Vyskytoval se v evropském i severoamerickém eocénu.
Orohippus
V Evropě se z něj vyvinul rod Paleotherium (ten byl větší než současný kůň). Tato linie se ukázala neživotaschopnou a vymřela ve starším terciéru.
Vývoj koňovitých začal od rodu Hyracotherium v Severní Americe. Lze ho rozdělit na dvě fáze. Ve starší fázi se nacházejí rody Hyracotherium, Orohippus, Epihippus, Mesohippus, Miohippus a Anchitherium. Všechny tyto rody žily v pralesích. Rody Mesohippus (spodní a střední oligocén) a Mesohippus (svrchní oligocén) patřily k těm životaschopnějším. Byly větší než Hyracotherium, měly delší nohy a zuby vhodnější ke žvýkání rozmanité měkké stravy. Na všech nohách již měly po třech prstech. Váhu celého těla nesl prostřední. Rod Anchitherium známe od počátku miocénu. Z Ameriky přešel přes Beringovu úžinu (ta vlastně tehdy ještě neexistovala, protože kontinent Euroasie byl spojený s kontinentem Ameriky). Postupně se šířil přes celý asijský kontinent a dostal se až do Evropy. Tento rod se v Evropě udržel až do konce miocénu. Jeho následníci, kteří se z tohoto rodu vyvinuli, dosahovali větších rozměrů (například rod Hypohippus).
Miocén (asi před 25 - 10 miliony let) znamenal pro severoamerický kontinent změnu klimatu. Velké oblasti pralesního porostu se zvolna měnily ve step, bohatou na trávu. Jedna vývojová linie koňovitých se této změně rychle přizpůsobila. Tvrdá tráva, kterou spásali, jim neustále obrušovala zuby, a proto se jim postupně začal měnit celý chrup (zvětšování zubních korunek, řasení skloviny apod.). Krk se prodloužil a umožňoval pohodlnější spásání trávy. Oči se posunuly do stran. Obsáhly tak větší obzor, což mnohdy znamenalo včas zpozorovat blížící se nebezpečí. Na tvrdém terénu koně našlapovali především na špičku prostředního prstu, který tím byl nejvíce namáhán. Šlachy ohýbající prsty zesílily a nakonec zůstal jen třetí prst, zakončený mohutným kopytem. Památkou na zbývající prsty jsou dnes tzv. kaštánky na bocích nohy.
Mesohippus
S pohybem na širých stepích souvisela stavba těla. Ta se přizpůsobila rychlému pohybu na tvrdé půdě. Tak postupně vznikla druhá, mladší vývojová fáze moderních koňovitých. Začala rodem Parahippus a pokračovala v miocénu hlavně rodem Merychippus. Z něj se pak na konci miocénu vytvořila celá řada vývojových větví. Jednou z nich byl tříprstý rod Hipparion, který se rovněž dostal z Ameriky do Euroasie přes Beringovu úžinu. Jeho pozůstatky byly nalezeny ve vrstvách konce miocénu až ve Španělsku. Odtud pravděpodobně pronikl i do Afriky. V pliocénu se tento rod velmi rozšířil.
Druhá linie, která začala rodem Merychippus, pokračovala přes jednoprstý rod Pliohyppus (rozšířil se asi před 5 miliony let). Svým vzhledem už připomínal dnešního koně. V pleistocénu se z něj vyvinul rod Equus, který v nejstarším pleistocénu pronikl ze severoamerického kontinentu též do Asie a do Evropy. Po poslední době ledové se zvýšila hladina moře a pevninský pás přes Beringovu úžinu zmizel. Koně na americkém kontinentu z ne dosud známých příčin úplně zmizeli. Dostali se tam nazpět až se španělskými dobyvateli v 15. století. Z větve Equus vzešli všichni současní koňovití - osel, kůň, zebra atd.
Ostatní skupiny koňovitých, Brontotheria a Chalicotheria, byli lichokopytníci a představují slepé větve vývoje. Nastalo u nich značné zvětšení rozměrů nebo specializace předních končetin, které měly místo kopyt drápy.
Merychippus
Nejstarší představitelé rodu Equus v Evropě byli značně příbuzní dnešní zebře. Byl to druh Equus stenonis, který žil na rozhraní pliocénu a pleistocénu. Divoký kůň Equus caballus fossilis žil ve starších čtvrtohorách v Evropě v několika rasách.
V době, kdy se na této planetě objevil člověk, žily tři typy divokých koní. První byl kůň Převalského, žijící v Asii. Podařilo se ho zachránit a lze ho spatřit v některých zoologických zahradách. Druhým byl tarpan, žijící na ukrajinských a východoevropských stepích. Byl vyhuben na konci minulého století. Z jeho přímých potomků bylo vyšlechtěno nové stádo v polském Popielnu. Sporný je poslední typ tzv. těžkého koně - Equus silvaticus nebo též zvaný robustus. Podle některých zoologů se od něho dají odvodit všechna chladnokrevná plemena. Někteří paleontologové se však domnívají, že se jedná o tzv. lesního tarpana Equus ferus a těžký kůň podle nich neexistoval. Vývoj koně jako takového je tímto uzavřen.
Vývoj přední končetiny koně
1) Ve spodním eocénu měl Hyracotherium čtyři prsty. Palec byl u tohoto rodu redukován.
2) U oligocenního rodu Miohippus již zesílil střední (třetí) prst, postranní byly dále redukovány.
3) Rod Merychippus ze svrchního miocénu měl střední prst velmi výrazný, postranní se stále zmenšují.
4) U současného rodu Equus je noha již vysoce specializována a postranní prsty téměř úplně redukovány.
(převzato z časopisu Český reiner č. 1/2001)