Thrákie má zastoupení ve všech dnes známých hlavních evropských skupinách obojživelníků a plazů. Ocasatí obojživelníci jsou zde však zastoupení pouze dvěma druhy. Celkem běžně se zde hlavně na jaře setkáme s jedinci druhu Lissotriton vulgaris a pak se zástupcem tzv. velkých čolků druhem Triturus arntzeni (dříve znám jako druh T. karelinii). Z žab zde vzácně, především na západě území potkáme zástupce čeledě Bombinatoridae – Bombina bombina a B. variegata. Jejich rozšíření zde však není úplně jasné, ale vyskytovat se pravděpodobně budou na vhodných biotopech nížin i předhůří. Blatnice Pelobates syriacus najdeme jak v jihozápadních partiích území, tak i ve středním a jižním vnitrozemí. Hojné jsou pak hlavně v písčitých oblastech delty Evrosu. Na východě území byla nalezena i příbuzná P. fuscus, z hlediska solitérnosti nálezu (zcela mimo výskyt druhu) se však pravděpodobně jedná o záměnu s výše jmenovaným druhem. Hojnými jsou zde zejména ropuchy Bufo bufo a komplexu B. viridis, které běžně najdeme na nejrůznějších místech po celém území. Na severu regionu (Strandža) se spíše setkáme s ropuchou obecnou, kdežto na jihu s její zelenou, taxonomicky složitou příbuznou. Dle fylogeneze rodu Hyla se zde, a pravděpodobně v celé východní Evropě, setkáme s druhem Hyla orientalis, hojným v městských stokách i přirozených močálovitých biotopech. Podobná místa obývají i skokani komplexu Pelophylax. Na tomto území byli identifikováni dva druhy – Pelophylax ridibundus a Pelophylax bedriagae a právě územím Thrákie by měla procházet jejich kontaktní zóna. Posledním druhem skokana, se kterým se můžeme setkat hlavně v oblasti kopcovitého severu je druh Rana Dalmatina – malý, běžný balkánský zástupce, který obývá okolí potoků ve zdejších dubových lesích.
Želvy se zde vyskytují nejspíše ve čtyřech druzích. Slovo nejspíše je na místě, protože výskyt želvy zelenavé (Testudo hermanni) v turecké Thrákii není úplně jasné. Často dochází k záměně právě s druhým suchozemským zástupcem (Testudo graeca), která je naopak hojná a nalézaná po celé popisované oblasti. Želva zelenavá by se naproti tomu mohla vyskytovat v pohraničí s Řeckem, kde patří mezi běžné zástupce, případně zasahovat z bulharské strany pohoří Strandža. Další faunistická data v tomto směru jsou tedy žádána. Naopak relativně běžným zástupcem zdejších toků je především nenápadná Želva bahenní (Emys orbicularis) a místně pak hojná Mauremys rivulata. Oba druhy spolu často najdeme na stejných lokalitách, i když želva bahenní preferuje podle pozorování spíše tekoucí a čistější vody. Obzvlášť vysokou abundancí želv bahenních kypí sever oblasti (Strandža), kde obsazují každý vhodnější tok. Zdejší exempláře jsou nenápadné, šedě či černě vybarvené bez výrazných vzorů. Druh M. rivulata najdeme naopak ve stojatých vodách, či dokonce odpadních kanálech a to zejména na jihu popisovaného území.
Když se přesuneme k ještěrům, tak první zajímavou čeledí jsou slepýšovití (Anguidae). Zástupce této čeledě zde můžeme potkat ve dvou druzích; menšího slepýše východního (Anguis colchica), který byl na základě molekulárně-genetických analýz teprve nedávno povýšen na samostatný druh a většího, až 120 cm dlouhého blavora Pseudopus apodus. Oba místním z pochopitelných důvodů připomínají hady a tak se především hojně vyskytující blavor stává obětí lidské nevědomosti. Také gekoni (Gekkonidae) jsou některými místními skupinami považováni za tvora nosícího neštěstí, ba i nebezpečného. Hojné jsou oba druhy s výskytem v Thrákii. Předně je to gekon Hemidactylus turcicus, který obývá např. hromady kamení, staré zdivo, budovy apod., odkud v noci vyráží na lov. V některých oblastech ho pak doprovází vzácnější, za to výrazně geneticky různorodější Mediodactylus kotschyi. Najdeme zde i jednoho zástupce agam a to Laudakia stellio, vyskytující se v Thrákii lokálně na thráckém poloostrově Gellipoli. Druhově nejbohatší je i zde čeleď Lacertidae. Celkem můžeme pozorovat na sedm druhů, které obsadily snad všechny vhodné biotopy území. Vzácnou a méně často nalézanou je Darevskia praticola. Ještěrky rodu Darevskia, jejichž centrum rozšíření se vztahuje především na oblast východního Turecka a Kavkazu, nejsou příliš známé a určitá podobnost s hojnou Podarcis muralis může být důvodem, proč je tento druh z území hlášen jen sporadicky. Její areál výskytu v Thrákii se zatím výlučně váže na Strandžu, odkud se šíří dále do Bulharska a zasahuje až do Srbska.