Zkoumání procesů domestikace různých druhů zvířat představuje velmi komplexní problematiku, vyžadující spolupráci zoologů, archeologů, genetiků, ale i antropologů.
Ohledně domestikace divoce žijících druhů bylo publikováno již mnoho článků, přičemž se v některých aspektech neshodují ani uznávané kapacity ve svém oboru. Dosud například nejsou přesvědčivě zodpovězeny otázky, kdy přesně se definitivně oddělil pes od vlka, či kudy vede a jak jasná je hranice mezi synantropně žijícím druhem, který se sice zdržuje v lidské blízkosti, avšak není člověkem využíván ani záměrně chován, a plnohodnotným domestikantem.
Podíváme-li se však na domestikovaná zvířata, můžeme nalézt několik pozoruhodně podobných znaků, které se vyskytují napříč jednotlivými druhy a lze je dát do přímé souvislosti právě s domestikací.
Základní rozdíl mezi ochočením a domestikací spočívá v tom, že proces ochočení je záležitostí jedince, zatímco domestikace se týká celého druhu či typu.
Ochočení je tedy proces, kdy jednotlivec nabývá během života určité povahové znaky domestikantů - přivykne lidské blízkosti, stane se do určité míry krotkým, někdy dokonce v omezené míře zvládne i výcvik či pracovní využití.Tyto změny však nejsou dědičné, nepůsobí změny v genetickém kódu a nenesou s sebou fyzické odlišnosti od divoké formy.
Příklad - vlk vychovaný od malička mezi lidmi se může stát krotkým, dokonce i (částečně) vycvičeným, avšak navenek se nijak neliší od divokého vlka a jeho potomci budou po narození vykazovat opět všechny povahové znaky divokých vlků.
Domestikací rozumíme po generace trvající proces, kdy se druh vyvíjí působením lidského, umělého výběru. Postupně u něj dochází k modifikaci genetického kódu, změny v chování se tak dědí a další generaci jsou již dané vlastnosti vrozené.
Zvláštním případem je autodomestikace, kdy se synantropie stává pro druh natolik výhodnou, že zvíře vyhledává stále užší soužití s člověkem a postupně pozbývá plachosti. Tímto procesem patrně prošel například vlk, než se řízení jeho dalšího vývoje ujal člověk a začal ho vědomě utvářet dle svých potřeb.
Aby to nebylo tak jednoduché, vlohy k domestikaci se u jednotlivých druhů zvířat zásadně liší. Čím to je, že některá zvířata se domestikovala snadno, téměř spontánně, zatímco u jiných druhů se tento proces nezdařil ani v podmínkách vědeckých institucí?
Lev Nikolajevič Tolstoj v tragickém příběhu své Anny Kareniny popisuje selhání jednoho aspektu manželství jako příčinu selhání manželského soužití jako celku.
Tento princip uvedl do kontextu moderní vědy Jared Diamond ve své publikaci Osudy lidských společností - Selhání jakékoliv klíčové funkce (orgánu) vede v konečném důsledku k selhání (smrti) celku.
K úspěšné domestikaci je totiž zapotřebí splnění několika základních podmínek. Není-li naplněna pouze jedna z nich, domestikační proces se významně komplikuje či se stává přímo nemožným.
Těmito podmínkami jsou:
Nenáročnost na krmení - chovat lze jen takové zvíře, pro které je potrava snadno dostupná, či které dokáže využít široké spektrum živin.
Rychlý růst - z ekonomických důvodů je nutné, aby domácí zvířata dosahovala pohlavní dospělosti nejpozději ve dvou letech věku.
Rozmnožování v zajetí - ne všechna zvířata se úspěšně množí mimo své přirozené prostředí.
Mírné, neagresivní chování - chov zvířat nesmí představovat neúměrné riziko pro chovatele, tolerovat lze pouze mírnou agresivitu samců např. u skotu či prasat.
Odolnost vůči panice - druhy reagující na znepokojující podnět překotnou reakcí (bezhlavý útěk či afektivní útok) nejsou vhodnými kandidáty k chovu.
Socialita- sociálně žijící zvířata se domestikují snáze než samotáři, navíc bývají komunikativnější a lépe přijímají lidské vedení.
Jak již bylo zmíněno, domestikovaná zvířata jsou vrozeně krotká, komunikativnější vůči lidem a přirozeně vyhledávající společnost. Liší se však i navenek - typické domestikační znaky zahrnují například vícebarevné zbarvení (králíci, psi, kočky, skot atd.), sklopené ušní boltce (králíci, psi), kratší čenichovou partii (králíci, psi) nebo změnu v reprodukčních cyklech a laktaci (skot, psi). Tyto změny exteriéru mají povětšinou svůj původ v lidském výběru chovných jedinců, kdy člověk záměrně šlechtil různá plemena či typy, podle svých potřeb a vkusu. Většinou, ale nikoliv vždy. Pokus ruského vědce, Dmitrije Beljajeva, z univerzity v Novosibirsku přinesl ve druhé polovině 20. století zajímavé zjištění.